mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCTTAAGTCAAACTTTTC TAAGTTTGACTTAGGAAAAA GTTGTATTAATGCACCCATCATATTATTTACTCTGTTCCAAATTATAGGTTAATTTAGCTTTTTCTTAAGTCAAACTTTTCTAATTTTGACAATTTTAGAAAATATATTAACATCTACAAGTTCAAATAAATGCAATACCAACTACCAAACATATTTCATGGAGGATTTAATGAAACAAACTTGATGTTGTAGATGTTGATGCATCTTTCTGTAAACTTGGTCAAAGATAAGTTTGACTTAGGAAAAACTAAAGTGACCTCTCATTCGGAACCTATGGAGTACTTCA 1 0 5' arm Sorghum_bicolor pmrd 100 sbi-MIR1435a 4e-163 -79.78 ..((((....))))..............(((((((((((.(((.(.((((((.(((((.(((((((((((((((((((.(((....(((((.....((((((((.(((((((((((((((..((((.......((.((....((.(((...........)))))....)).))........))))..))))))))))))))).)).))))))........)))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))).).))).)))))....))))))..... (-79.78)