mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACAGAAGATAGAGAGCAC GCTCTCTATGCTTCTGTCAT TTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCAT 1 1 5' arm Solanum_lycopersicum pmrd 100 sly-MIR156a 5e-52 -43.44 .((((((((((((((((((((.((((((((.(((((.......(((.....))).......))))).)))..))))).))))))))))).))))))))). (-43.44)