mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA TGAAACAGTAACTTTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACAACAAAATGTAAACTATATTTGAATGGTTGAGTTTTCGTTTTTCGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTTTCTCTTTCA 2 0 3' arm Solanum_lycopersicum pmrd MIR171_1 5e-59 sly-MIR171a 5e-65 -45.2 .((((.((.((((..(((((((((.(((((((.((((((((((((((...((((((......))))))..))))).)))....)))))).))))))).)))))))))..)))).)).)))). (-45.20)