mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAGTTTATTTGGGTTTTT AAACCCAAATGGATGTTTTGGC TGTCTGAAAATATATATTTGTCTGGGTTGGCTAAAAGTTTATTTGGGTTTTTCGAAAAACCCAAATGGATGTTTTGGCCAACCAAATATATAGCCCACTTCTCCAT TTCCGTCTAAAGTATTTTTTTCTGAAATGAATGTTTTTAAGTATTAAGGGAGTAAGTATCCTAAGAGCTCAGGATCTCACTGGCAACTTCAGCTCTTTTATTAGTATTTTTTAAGTATTTGTTCTTTGGACCTGCAGGTGGGAAAGCAGAAATATCTTTAATTCTATGGTTATTGCTAACAGGTAACAAAGAGTCCCTTCTGTGTTCCTAAGATCTCCTCTCAGAATAGAGCAGCATAACTGTTTAAAAAGTGTTTTTAGTTGTAAAGAAGTTCAGGCATAGTAAGATATGTATCTGTCTGAAAATATATATTTGTCTGGGTTGGCTAAAAGTTTATTTGGGTTTTTCGAAAAACCCAAATGGATGTTTTGGCCAACCAAATATATAGCCCACTTCTCCATCTTCTGTCCCAAAGCCACTCTCTAGTTAACAATGTCAGTGTTTTAACTTTACCTATAGGTGGAGGAAATCACAACAAAAGAAGTTAAGCTGCCAGCAGAAATGGAAGGAAAAAAGATGGCGGTGACCCGGACCAGGACTATGGTGGTGCCCTTACACTGCAATATCATTTGGGGATGCTTTCTGGAAGGAACATCCAGAGATCCTGGATGAAGACAGCTGACCCTTTGCTTTTTCAGTCTTGGCGTGCTTAAA 1 1 5' arm Bos_taurus mirnest 100 100 -33.9 ..........(((((((((.....(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))).))))))))))))))))))))).............. (-33.9)