mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGATTGTTGCCTGGCTCGAGG AGCAAGTCCTGGATGTGGGGATTGTTGCCTGGCTCGAGGGAGGCATTCCTTTGATCTTTTCTCTCCTGGGAAGTACTCCAGAAGAACTGTGCCAGAAATGTGCGCTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCATCTGAGATTGCACC 5 0 3' arm Selaginella_moellendorffii pmrd mir-166 0.00000003 smo-MIR166a 1e-78 -66.6 .((((.((..(((((.(((((.((..((((((..((((((((...(((((..((.........))..)))))...)))).........((((((....)).)))).))))..))))))..)).))))).)))))..))))))... (-66.60)