mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA CCTGATGCTTGGATTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCGTTCTGAAGGGTTGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTATTTTCGAGAGGGAGGAGAGGAGCTAGACTCTCATGGTGGTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCATCC 3 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 4e-74 sof-MIR159a 5e-150 -111.1 ...((((..((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((((....(((((..((.(.(((.((((.(((((....((((...(((((((((..((((((....))))))......((((.((..(((((........))))).......)).)))))))))))))...))))....))))).)))).))).).))....))))))).))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))..)))). (-111.10)