mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA CCTGATGCTTGGATTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCGTTCTGAAGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTATTTTCGGAGAGGGAGGAGAGGAGCTAGACTCTCACGGTGGTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGAACCATCCATCC 3 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 6e-70 sof-MIR159b 1e-150 -111.4 ...((((..(((.((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((((....(((((((((.(.(((.((((.(((((....((((...(((((((((..((((((....)))))).......((((.((.((((((........))))).).....)).)))))))))))))...))))....))))).)))).))).).))))..))))))).))))..)).))))).))).))))))))))).))..)).)))..)))). (-111.40)