mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC TGAAGACGACGACGAAGAAGAAGATGGCGAAGAAAAGTGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATGCCTCTCTGGTGCAGCAATGACTAATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTTTCCTCTCTCTCT 3 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 3e-90 sof-MIR159c 1e-119 -110.7 ...(((.((.((.(((..(((.(((.((........)).)))...((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((((.((.((.((((.(((((.((((((....(((((((...((((....).))).))))))).....)))))).))))).)))).)).)))))).))))....))))))))).)).))))))))))))))))))...)))..))).))))))).. (-110.70)