mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAAGGAGCTCTT AGCTCCTATCATTCCAATGA CTGATGCTTGGATTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCGTTCTGAAGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTATTTTCGAGAGGGAGGAGAGGAGCTAGACTCTCACGGTGGTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAAGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAAGGAGCTCTTGCATCTGATCCATCCATCC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 1e-61 sof-MIR159e 2e-149 -108 ..((((..((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((((....(((((((((.(.(((..(((.(((((....((((...(((((((((..((((((....))))))......((((.((.((((((........))))).).....)).)))))))))))))...))))....))))).)))..))).).))))..))))))).))))..)).))))).))).)))))))).))).)).))))))..)))). (-108.00)