mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTTCTTCTCTTGGGCTA TAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAATGCTTCGATGGATCCCTAATCCCCGTCCGGCCGGGAACGTCGCACGTATGTATGTATGCGTGCATATGCTGCGAACTGTGAGGCATCCATATCGACCGGCAGGTTCTTCTCTTGGGCTA 1 3 5' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR169_2 0.000008 ssp-MIR169 4e-66 -63.61 ((((((((((.((((((((((.......(((((((((.(((....((((......))))....(((((((((((((((....)))))))))).)))))......))).)))))..))))))))))))))..)).))).))))) (-63.61)