mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATTGAGCCGCGCCAATATC GCAGCGGCGTCCCGG AACACACAATGCGGTTCCCTTAAATTGTCCCCCGGGGAAAGCGTTGCGCAAGTTCTTGAATAAACGACGCCCATTGGTGGCCCATCCCAATGTGAAGTCGAGCACGGGATTCCGGCTGGCGCCCGAAGTTGGTCCAGCACCGCTTGCACGCAGGTGAGGTGCGCGAACTGGAGCACGGGGGAGACCTCGTAGAAGGCCTTGTACGCCCCGAGCTTGAGGACCACGTCGTATGGCGTGGAAACCGGGGGCGCCAGGGCCTCGCCGGTTGGGGAGAGCGCAACGCGCAAGGCCTCCTTGAAGTAGAAGGCTGAGCGGAGCAGCGGCGTCCCGGCCGTGGGAGCGGCGGGGAACCAATAATTGAGCCGCGCCAATATC 16 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd 100 100 -165.02 .............((((((((......((((...))))..(((((((((...(((((.(((...(((.((((..(((((.(((..............((((((.((((..(((((.(.((((((...((((...))))..((((((....)))))).)).)))).).)))))..((((((....))))))................)))).))))))...(((((((....)))))))......))).))))))))).)))...))).))))).)))))))))....(((((.((......)).)))))))).))))).(((((.((((.(((((....))))).))))............)))))......... (-165.02)