mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGACCCGCGCCAATATC GGCAGGAAGGGATCA TGATTGACCCGCGCCAATATCTCGCGCGCGCCAGTGGAGTCCCCGGCGTCGGCGCGGCGCACCGCCTCGAGGAGCTCGTCCACCGCCGCCCCTGGCCCGAGGTCCTCCTCGGCCACGGGGAGCTGGAGCTGCGGGTGCGGGTGCAAGAAGGGCTCGACGGCGGCGGTCTCTTGGCAAGACGGTGGAGGCAGGAAGGGATCA 10 2 5' arm Saccharum_officinarum pmrd 100 bdi-MIR171a 0.0000000007 -99.9 ....((((((...((....((.(((.(((((((..((((.(((((.(((((((.(.((((.((((((((...(((...((((..((..(((((((((.((((....))))))))).)))).))))))))).)))).)))))))).....).)).))))).))).)).))))))))..).)))))))....))..))).))) (-99.90)