mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG GTTGCATCTCCGGTTTCTCA AAGCGTTGCATCTCCGGTTTCTCACCAACCATTATTACCCCCAACCAAGAAGCGTCTGTACCGAACCACACCCACCGGTGGCGGCGCATGGCCAGCCCGCCACCATTTCACCGTTCAGCTCAGACGCCGTCTCCACTCTCCAGCTCAACAGGAGGACTGGGGGAGTCTGTCAGGCGGTTGGGGGGAAGCGGAGCTGCTGGTAGCCGAAGAACACTTGCCGGGGGCCACCGGACGGCACGCTGCCGGCGGCTGTGGCCGCGTCCACGCCGGTGGCGGTAGAGAATCCTGATGATGCTGCAG 5 1 3' arm Saccharum_officinarum pmrd 100 bdi-MIR172d 0.00006 -134.77 ....((.(((((((.((.((((((((..(((((....(((((((((.....(((((((..(.((((..........((((((((.((.......))))))))))........)))).)..))))))).((((..((((((((((((.....)))..)).))))))).....)))))))))))))...(((((((((((((((((..(((....)))((((.((....))...))))..)))))))))))))....)))).........))))).))).))))).)).)).))))).)).. (-134.77)