mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC GTGCTCCCTCCTCCCGGCCTCCTTTGTTTACTTTACCCATGCGCAGCTTCATCATATCTCAGGG TTGGACTGAAGGGTGCTCCCTCCTCCCGGCCTCCTTTGTTTACTTTACCCATGCGCAGCTTCATCATATCTCAGGGTTTTACTTCATGATCTGTATTTATTTTCCAACCTGCTGTCTTGAACTCTTGATCTGTCTTTGCTTGAGCTGCTTAATTATTATCTTATATATTTCTTTGGCATCTGCTGCATATATATGCAGCAGCTGCCAAACTACGGGCCTATTTTAATTTTATCATGTGCGTGCTTACTGTTCTTCTCTGGCTGTTATGTAGCAGTTGTATATATAATCGAGATCCAAAGCTTTTTGTACTTTCCTTGCCCTTTTTTGATATATATACTAGCTATAAATCCTTGATCTGCTAGCTGAATCTATATATTGTTCTCTTCCAAAAAGAGATCCCATAGTTTCAATTTGCTTTACTTGTGTGTAGATCTTACAGGACATGATCGGATCCATACATCGATGCATCGTCTCTGCAGGTTTCTGCTGTGTATTTCTGTGATCTGTGGAAGAAGGTGGTGTGCACTGTTGTGGTCTAG 7 509 5' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 0.000002 sbi-MIR319 0.00000000003 -136.57 .((((((..((((....))))......(((((......................(((((((...((.....((((.......((((.(((..(((..............))).))).)))).......))))....))...))))))).......................(((((((.(((((((((....))))))))).)))))))....))))).................(((((..((.(((.(((((((..........((((((....(((((((((.((((((......((................))....)))))))))))))))..))))))..((((.(((((((.(((((((.((((.......((((((.....))))))....)))).))))....)))..........)))))))....))))......((((((...(((..(((((((.......((((....)))).)))))))..))))))))).))))))))))))..)))))......)))))). (-136.57)