mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATC AAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATGCCTCTCTGGTGCAGCAATGACTAATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCT 2 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR159 2e-93 sof-MIR159c 4e-97 -98.6 ..((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((((.((.((.((((.(((((.((((((....(((((((...((((....).))).))))))).....)))))).))))).)))).)).)))))).))))....))))))))).)).)))))))))))))))))).. (-98.60)