mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAA AGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTAAGAGGAGCAGCTCGAAGCCTCGAACTCTACCTGCATGAGCAGGTGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAA 1 0 5' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR396 5e-41 sof-MIR396 4e-72 -68.8 ...(((((((((((((..(.((((((((((((.(((((((((((((((..((((((.((.((((....)))).)))).))).)...)).))))))))))))).)))))))))))).)..))))))).)))))). (-68.80)