mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGATGAGGCAGAGCATGG AGAAGATGGGTATGGTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGAGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCTGTCCTCCGCTAGGCCGCTACTGCATTTCTGTTTGCTTGCTCACAAAACGGAGGGATTTGTGAGAGTTATCAGGCAGAAAGAACAAAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAGTGGTGATGGCCTGACCTGAGACGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR408 0.00000000000008 sof-MIR408a 1e-160 -122.5 .......(((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((..................(((.(.(((((((.(((..(.((((((((((....((((((((.(.....).))))))))......)))))))))).............(((.....)))...)..))).))))))).)..))).(((((((....)))))))......)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))..)))).))))).... (-122.50)