mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGATGAGGCAGAGCATGG AGAAGATGGGTATGGTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCTGTCCTCCGCTAGGCCGCTACTGCATTTCTGTTTGCTTGCTCACAAAACGGAGGGATTTGTGAGAGTTATCAGGCAGAAAGAACAAAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAGTGGTGATGGCCTGACCTGAGAGGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR408 0.000000000000001 sof-MIR408c 2e-162 -122.7 .......(((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...((((...........((((.((((((((.(((((((.(((..(.((((((((((....((((((((.(.....).))))))))......)))))))))).............(((.....)))...)..))).)))))))...)).)))))).)))).....((..(....)..))))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))..)))).))))).... (-122.70)