mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGACGAGGCAGAGCATGG GGAAGGTATGTTTGATTGGAGACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCTCACAAAACGAAGGTGCCTGCCTCCCTGGTGATGGCCTGACCTGAGAGGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCACCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR408 0.0000000000002 sof-MIR408d 3e-120 -82.4 ....((((....((...((((.((((((.(((((((.(((.(((.(((((.((.(((((..............(((((...........))))).(((((((..((((.(.(((.(.....).))).).))))(((((....))))).)))).)))..))))).)).)))))))).))).))))))).)))))).)))).))....))))..... (-82.40)