mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGACTCTTCCCTGGC CAGGGATGAGGCAGAGCATGGG AGAAGATGGGTATGGTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGAGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCTGTCCTCCGCTAGGCCGCTACTGCATTTATGTTTGCTTGCTCACAAAACGGAGGGATTTGTGAGAGTTATCAGGCAGAAAGAACAAAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAGTGGTGATGGCCTGACCTGAGACGGATGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGTTGTTGCTTACTTCCCTGCACTGACTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGC 4 1 3' arm Saccharum_officinarum pmrd MIR408 0.0000000000003 sof-MIR408e 1e-160 -105.5 .......(((((((((.((((.((((((.(((.(((.(((.((((..((((...(((((..((..(((...((((((.((.(.(((((((.(((..(.......((((((((((((((((.(.....).))))))))......))))))))...............(((.....)))...)..))).))))))).)..))))))))(((....)))..))).))..)))))..))))...))))))).))).))).)))))).))))..)))).))))).... (-105.50)