mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTTAGAGAAGTTTGACTT GTCAAACCTCTCTAACTTTGA CAAGTCAAACCTCTCTAACTTTGATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAAAATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAATTGTAGATGATAATATATTTTTTCTAAAAACTTGATCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTA 1 0 3' arm Saccharum_officinarum pmrd 100 ssp-MIR437a 3e-45 -56.4 .(((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((...........((((.........))))...((((.(((((.....)))))...)))).........)))))))).))))))))))))))))))))).))))))))). (-56.40)