mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC AAGGGATGAGGCAAGCAACAAAATTTACCACCTGATTATGAGAAGAGGG ATTTTGTGAGTGGAGAGGGGGGAGGAGACAGGGATGGAGCAGAGCAAGGGATGAGGCAAGCAACAAAATTTACCACCTGATTATGAGAAGAGGGAGAGAGTTGCCAGAGCTTCTGTTGCTGTTGTTGCTCCCTCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTCCCAAATCTCTCCCTCCCCCTCTCT 3 30 3' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR408 8e-68 -88.5 ...........((((((((((..(((((..((((.((....((((.(((((.((((((.((..((.((((........)))).)).....((((((.((((.((.(.(((.......))).).)).)))).))))))))..)))))).))))).)))))).)))).....)))))..)))))))))) (-88.50)