mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACCGGTTCGTGGCACGAACC TTCGTGCCACAAACCGCGACTAAAA GTTTGAAAATGGGACCTTTAGTACCGGTTCGTGGCACGAACCGGGACTAAAGGTCTTCAACCCCATTAGTTCCGGTTCGTGCCACAAACCGCGACTAAAAGGGAGGAGCTTTAGTCGC 3 1 5' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1117 1e-62 -55.14 (.(((((.......((((((((..(((((.((((((((((((((((((((.((.........)).)))))))))))))))))))).)))))..))).))))).......))))).).. (-55.14)