mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCACGGCGTGATGCTGAGTCAG GGGTCAGCGTCGACGGCGGCGGCCGTG AGCGTCAGCGTGTGATGCGCCAGCGCGCGCGGAGGAGGAGCTGGCTGGGTCAGCGTCGACGGCGGCGGCCGTGTGCTCCTACGTGGCACGGCGTGATGCTGAGTCAGCCAGTGGAGTGGTGCTACTTTTTACTAGGTGTGGAGTGGGGAGTGCTATGCGCGGGGTCGCGTGACGTGG 3 3 3' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1119 2e-90 -86.4 .((((((.((((...(((((.(((..((((.(.......(((((((((.((((((((.(((.((...((((((((....)))))))).)).))))))))))).)))))))))....).)))).((((((((((........)))))))))))))..)))))....)))))))))).. (-86.40)