mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGTGAGACCTGGTCTCATAGA TATGAGACCAGGTCTCATATAAA AAAAAAATTATATGAGACCAGGTCTCATATAAATCAGGTGAGACCCGCCCTGATGAATGACATGTGGAATTCACAAATCACAAAGCATCTAATCTCTCCCCCCCTGATTTCAGGTGGGGGGTGGGGTGGATGCTTTGTGATTTGTGAATGACACGTGTCATCCATCAGGATGGGTCTCACCTGCTAATCCGTGAGACCTGGTCTCATAGAATTTTTTT 4 0 3' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1123 4e-101 -153.62 (((((((((.((((((((((((((((((......(((((((((((((.(((((((.((((((((((..(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))).)))))).)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))).))))))).))))))))))))).......)))))))))))))))))).))))))))) (-153.62)