mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCAACGAGACCAACTGCGGCGG GCCACATTCGGTCTTGTTGGTTAA TTTGGCCGTAAATTTAACCAACGAGACCAACTGCGGCGGGAACAAAAATTATATCGCTGAATTATATCAAAAATACNAATTCAGTAGCATAGGTTTTGCTCCCGCCACATTCGGTCTTGTTGGTTAAATTTACGGTCAAA 4 0 5' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1125 1e-69 -72.34 .(((((((((((((((((((((((((((...((.(((((((.(((((.((((.(..(((((((..............)))))))..).)))).))))).))))))).))...))))))))))))))))))))))))))). (-72.34)