mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCGAGCCAGCGGAGACCGGCAG TCGTCGCTCCACCATGGAATCAGCTGCTGATATGCTCGAACACGACCTGCAAGCT CGGCCGCCATTCAGCCANAAGAAGCAGCGAGCCAGCGGAGACCGGCAGCCAACCAAGGGCGTCGTCGCTCCACCATGGAATCAGCTGCTGATATGCTCGAACACGACCTGCAAGCTTCATGTATCTGCAACACCCCTGCTCCTCATCCACGACCCAAGTGACCTGAAAGAGCAAGCTGCTGCAGAGGGCAATCCTCGATATCTAAGAAGACCTCGGGCTTATTAGGGGAAGAGAGCTCGTGCCAGATCCACTCCCAACTGCCTCCGTCCACCATGGACGA 4 34 5' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1129 4e-157 -84.6 .(((.(((.....(((....(((((..(((((((((((.(((.(((.(((.......)))))))))..(((.....))).....))))))....))))).....(.....)..))))).....((((((.((.(..(((((.(((..(((.......)))...)))..))))).).)).)))))).)))......(((..(((....)))..)))))).......((((.((..((....))....))...))))....)))..(((((.....))))). (-84.60)