mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTTAGATGTGACATCCTTAAAA ATAACTATGTCACATCTAAGCTG ATCTTGTATAGGTCTGTCTAGGACACATCTAAATGTGACATAACTATGTCACATCTAAGCTGATGTCAACTCTGTTTGTGGTCTATTTTTTTTATCCTAGTTTTTTTATTTCTTATTGCTACATTATATATTTGTAGGAGCTTAGATGTGACATCCTTAAAAACATCTAGATGTGAATTAAACAAACTGATCTT 5 0 3' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1138 1e-42 -50.45 ..........(((.(((.(((..((((((((.((((....(((..((((((((((((((((..((.(((.(.(((.((((((...................................))))))..))).).)))))..))))))))))))))))..)))...)))).))))))))..))).))).)))...... (-50.45)