mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGTAACATACACTAGTAACA TTACTATTGAAGTTACTCCCA GCCACAGTGGAGAGTAACATACACTAGTAACATACACATATCCCTAGAACTATATAACTACCTTCATAGKGGTAGCAACATAAGTGTGGTATCATGCAAAGCTTCATTTATTAGGTTATAGACTCATATTGCATTGGGACATGTGATGTTATAGTAACTAGCTAAGTTACTCAAACTACCTCTCTCCTCGATGTTACTATTGAAGTTACTCCCACT 4 1 5' arm Triticum_aestivum pmrd 100 tae-MIR1139 5e-120 -59.42 .....(((((.(((((((...((.(((((((((.(((((.((((....(((((((..(((((........)))))........)))))))...((((((.......(((((......)))))......)))))).)))).)))))..(((..(((((((.....)))))))..)))..............))))))))).))..)))))))))))) (-59.42)