mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGGTTTGTTTTGTATTTTTT ACATTGTATTAAATAAACTATAC TTTATAGTTAAAACATTGTATTAAATAAACTATACTATCAAATGGTTTGTTTTGTATTTTTTAAATTATTG GTGAGTTCCCAGCTGCCATTAAAGGATTGAGGCAAATGTAAATTCTGGCCTGTGTTGTGACACAACAAGTAAATATGAAAGGAAAAGAAAAATCACAAATTTTTTAAAATTCCACCAGGAAGGTTGAAGAAGGGAGTTGTTAGGGGATTTGTTTGTTTTCATGTACAGGGGGAATGGTGGAATTGATTGGTGTGTTTCCCCACCACCTTTTTCAAGCAAATACCTATGTTTACCAAAAGCACATGCTGTATATTTTGTTTCCCCCTTTGTGTGTTTATAGTATTTTGAAGGATAAATTAATTGGGTATTTGTATGTGAGGATGTTAAAAGTTGTGGCTGCTCTCTTTGTGGAAGGGAAAAACAAATGAGGTTAAAATGTACTTCTTTTCCTAGCTCAAAAGTCACTGTGATGTATATTTTTTTAATGAAATTTAGGAATAAAACTTGTTGCAGTTGTATAATTAGTTTCAAAATGCTGCTTCTCTTATCATTAGTCTAGTAACTGTTAAACTGTTTTATGCAAACTGCATTTTACAGAATTTAAACTCTGAAACTGTATCAACTTTTATAGTTAAAACATTGTATTAAATAAACTATACTATCAAATGGTTTGTTTTGTATTTTTTAAATTATTGATTGTATTAGTTTATTTGGACTTTATTTTTATTAAAAGCTAATAATGAAATAAATCATTTAATACTTTTATTTTACCCATAAGGATACAGAAATTGTACTGGGAAAAAACTGAGCAGAGTTTTAACAGTAGTGAACTTCTTTTAAGAATTTAGCCAGCAGTGACAATTTCCAGGTTTAGGGATAAGTTTTAGTGTAATTGTTTAATCATAATGCTTCATGTTGCAAGGTGTCTTTTGCCTCAGCAAACTTTTAAGGTTATACATGGAATTACTATCTACTGGAATGCTACATTTGCTTTTTAATTCCTCCAAATTTCTCAGCAGTGGGAACATTGTATTATATTCTGTGCCTGCTAGTTTTAATATAACACCATTATAAAGCCATATAAACGTTAACTAAGTTTTATAAAACATACTGTCTAGTTTTTGGTTTCTTTTTTTTTTTTTAATTTAAATTAAACATCTTTAGGGAAAATGAACCTAGTTAAC 3 2 3' arm Bos_taurus mirnest 100 100 -11.8 .......((((((....((((.(((((((((((........))))))))))).)))).))))))....... (-11.8)