mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAG GCAGCAGCAGGGTTCT AGAATCCTGATGATGCTGCAGTAGAGANCAGTGGCATTGGTGTAACACTGACCTGACCATGCGTTTGCCATGCCCAATCGGGGAGACCTTGCGGAGGACCTAATTCAACTCGATTCACCATTGCTCTTTCCTCGCTAGGAAAGAATCTAGGATATCCACTATTCCAAAAAATAGGCTGATCTGACGGCCCTACTGGTCCTTTGAAAGGTGGACCACCCACTGTTGCAGCAGCAGGGTTCT 1 3 5' arm Theobroma_cacao pmrd 100 ghr-MIR172 0.00005 -83.81 (((((((((....((((((((.......((((((...((((..........(((((....((((.....))))....)))))...(((((.(((((((((...........(((...((.....((((((((....)))))))).....))..))).................(((((......))))).....))))))))).)))))..)))).)))))))))))))).))))))))) (-83.81)