mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAAATTGTT GAATTTTGGGATGGAGGGAATACT TTTTGGCCTACATAGCCCACTTTTGTACTCCCTCCGTCCCAAAATTGTTGTCTTAAATTTGTCTAAATATGGATGTATGTAGTTACATTTTAGTGTTAGATACATCCGTATCTAAACAAATGTAAGACAAGAATTTTGGGATGGAGGGAATACTACCTCATATTTAGTATAAAATTTTGA 2 0 5' arm Triticum_monococcum pmrd MIR1122 2e-71 tae-MIR1122 8e-28 -73.6 ....(((.......))).......(((.((((((((((((((((((.((((((((.((((((.((.((((((((((((.((...((((....)))))).)))))))))))).)).)))))).)))))))).)))))))))))))))))).)))........................... (-73.60)