mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTGTCCTTGGCTACA GAGAGTGGAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAATTTATATATAGTGAGAAGAGAAGAGGCTATATGCTTTCACATATATAGTGAACCCTGGCAAGTTGTCCTTGGCTACATTTGATTCTCTT 3 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR169_2 1e-56 vvi-MIR169a 3e-66 -61.1 ((((((.(((((.(((((((((..(((((((((..(((((((((((((((.........(((.....)))))))).))))).)))))..)))))))))..))))))))).))))).)))))).. (-61.10)