mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTTGTCCTTGGCTACC GAGAGTGGAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAATTCACATATAGAGTGGAATGAGGCAATAGACCGGCCTCTTCTCATGGTGTCCCTGGCAGGTTGTCCTTGGCTACCTTTCGCTCTCTT 3 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR169_2 1e-62 vvi-MIR169j 5e-65 -63.9 ((((((((((.(.(((((((((..(((((((((....(((.......((((((.(((((.........)))))))).))).)))...)))))))))..))))))))).).)))))))))).. (-63.90)