mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTTGTCCTTGGCTACC GAGAGTGGAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGAATTCACATATAGAGTGGAATGAGGCAAGAGGCCGGCCTCTTCCCATGGTGTCCCTGGCAGGTTGTCCTTGGCTACCTTTCGTTCTCTT 3 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR169_2 1e-62 vvi-MIR169k 5e-65 -61.1 ((((((((((.(.(((((((((..(((((((((..(((((.......)))))....((.((((((....)))))).)).........)))))))))..))))))))).).)))))))))).. (-61.10)