mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCGAAGGATGACTTGCCTA GGCAAGTCTCCTTGGCACC CGTTGTTTGGTAGCGAAGGATGACTTGCCTACAGCCTCCTTAAGGTTTCAAAATACCGAGCTTGTCTACCTTTGATCAAATGATTCAAGAAACAAAAGAAAAGAAAGGCCATGGCAGCCATCCATCAGAGTCAACATGAGAATCATGTTCTATAGAAATTGGAGTCATTCTTGAGAATGAACACGACACTATTAGCTTGGAATCTATAATGTGGTTTATGGCAAGTCTCCTTGGCACCTGATGGCCTC 3 2 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR169_2 1e-138 vvi-MIR169y 7e-140 -73.77 .((..((.(((.((.(((((.((((((((...((((.(.((((((((........(((((((((((...(((.((((....)))).))).................(((.......))).((((........((((((.....))))))..........)))).((((((....))))))....)))).....)))))))))))).))).).))))...))))))))))))).))))).))..))... (-73.77)