mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGCGTGGTGGTGGGCCGTC CGGATCTGCCGCTCCGACAGG GCGAGCTGTCCCGCGTGGCGGTGGGCGTGGTGGTGGGCCGTCTGCAGGGGGCGCTGCCCGGGGCGCAGGTGCAGCTGGAGCAGCCGCTGCACTCGCTCGCTCTCAGCACGGATCTGCCGCTCCGACAGGTGTGCCACGACCAGCATC AATTATCAAACACAGTTTGTACAAAAAAGTTGGCGGCCGCCCATTTCTATAAAGACCCTGACACCTCAGCCAATCAGCTCACAGGCTCCGCCTCCTCCTACAGACCTTTCTAAAGAGAGCCCAGTGCCTCAGCCAATGGGTTTGCAGCCTGCTGCTGAGCCCCACCCAGAGGTGGAGTGGCCTTTAGCTCCTCCCCCTGTGTCCCTCAGCCCTCCGGCAGGCTCCGCCCAGTGTGCGTTGCCACTGACGATCGGGGCTGAGCTGACGGAGCTGGTGCGGCGGAACACGGGTCTGAGCTGCGAGCTGTCCCGCGTGGCGGTGGGCGTGGTGGTGGGCCGTCTGCAGGGGGCGCTGCCCGGGGCGCAGGTGCAGCTGGAGCAGCCGCTGCACTCGCTCGCTCTCAGCACGGATCTGCCGCTCCGACAGGTGTGCCACGACCAGCATCGGCTGCAGGTGATCTT 3 2 5' arm Danio_rerio mirnest 100 100 -64.3 ....((((.....(((((((.((..((.(((((((((((((..((.(((((((..(((...)))((.((((((((.((.....)))))))))).)).))))))).)))))).))))))))).)).))....)))))))..))))... (-64.3)