mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTGAGCCGCGCCAATATC TGTTGGTGCGGTTCAACCTAA TTTCACGAGATGTTGGTGCGGTTCAACCTAACTGTAGTGTCCATGAATGTATCGACTCTGATGTTTGGTTGAGCCGCGCCAATATCCCGTCTATCT 1 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd MIR171_1 2e-48 vvi-MIR171h 1e-49 -47.3 ....(((.((((((((((((((((((((.(((..(((.(((.(((....))).))).)))..))).)))))))))))))))))))).)))...... (-47.30)