mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTAATGTGTTGTGTTTGTTAG ATTACAAAAACAACAACAAAGTAAACGGAGAAAAATGAAATGTGGATTTATACTAAGTCAAACA CAACATTTATTACAAAAACAACAACAAAGTAAACGGAGAAAAATGAAATGTGGATTTATACTAAGTCAAACATTCTTTTGAGTAATGACTGAGAGATTAAAAATGCTTGATTTGATGTGTTTTTTTTCTTAGTAATGTGTTGTGTTTGTTAGATG 3 62 3' arm Vitis_vinifera pmrd 100 100 -30.6 ...((((((..(((((.((((((.((........((((((...(((...(((......)))....)))....)))))).........(((((((((..((((((((..........)))))))))))))))))..)))))))).))))))))))) (-30.60)