mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATCC ATCATGCTATCCCTTAGGAAC GGTGGACAGTTCCAAAGGGATCGCATTGATCCCATGGTTATCTTCCACCTCTCTTACCAGACTATCATAACAAAGTCTGGCCTTTTTCCCATTGGATCATGCTATCCCTTAGGAACTCTCCATCAG 2 1 5' arm Vitis_vinifera pmrd 100 vvi-MIR393a 2e-67 -53.9 ((((((.((((((.(((((((.((((.(((((.((((..(................(((((((..........))))))).....)..)))).))))))))).))))))).)))))).)))))).. (-53.90)