mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCTTGATCACTTCACTA GTCCCCTAGAGTTCCCTTGATCACTTCACTAGGGAGCTTCGCTAGTTTTAATGACTTCCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCTGGTACCGA 4 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd mir-395 5e-46 vvi-MIR395a 3e-47 -40.86 ....((..(((((((((..(.(((((((.((((((((...............).))))))).))))))).)..)))))))))..))...... (-40.86)