mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCTGGTTGAAGGGGACCAA GGTTCCATTTGACCAGCCACA TCACGACGCAGTAGCTGGTTGAAGGGGACCAAACCTCGCAGAAACACCTGACTTGGTTCCATTTGACCAGCCACAGCAAGGCG GTTTATTGAACATTATTTTATTTTTTTAAAAAAGACAGTGTTAGAGCATTTTAAGCAGATATATACTCTCTTTTAATCTTTGGTCTATATGTAGGCTGTATTCACGACGCAGTAGCTGGTTGAAGGGGACCAAACCTCGCAGAAACACCTGACTTGGTTCCATTTGACCAGCCACAGCAAGGCGTGTTGCTTCAGAAAGAGACGGAAGAAGACTAACAGAGCCTATGTTGACAATCTTCAGCAAACTGTTCTCCTCGCTTACCTGTGTGCAGTTGTCTCTTCCTTCACATTGTTGTTTTTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTCCATAGACAGAGAACTACATGGACGAAGGCCAGTCAAGCAGAAGAGGACTAGCACATCTAGCACTCTGACATCTATCTTGCATCTAAATAGACCTGGTTTTCTATTGTGACATGTGGCCAAACTGCCCCATTTAGACTCTTTCTTGACGTATGAGCTTGATATACAGTAGATCATAGTTGAGCTACGACACCTCAGGTGAAAACGCGCTAATACCTCCATTTCCTTTAACAACACCATTTCCGGAGACAGAAGTGTCAAATCTTCCATTTGCTGCCTCGTAAAAAAAATGAGATGTCATCCAGCATCTCAGGAAGAAAAAAAATCTAATTGGAGGTAATATATAAGGAGTAACTACGTATTGTTAAAGAAAAAACGTGTCAAAAAAACTGTAGTTCTAATAAAATGCAGGCCGTTGCATCATTTTTATCTGAAATCAATTTTTAAAAAATGGCACTTTTTAGCATTGTCAATTAAAAAATTAGAAAATACTTTA 2 0 5' arm Danio_rerio mirnest mir-133 2e-33 dre-mir-133b 2e-41 -30 .......((.((.((((((((((.((((((((......(((......)))..)))))))).)))))))))).)).))...... (-30)