mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCTTGACCACTTCACTG TCCCCTAGAGTTCCCTTGACCACTTCACTGGGGACCTTCTCTAATTATAATGACTTCCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCTGGTGCCATT 4 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd mir-395 1e-43 vvi-MIR395k 3e-47 -37.3 ...((..(((((((((..(.(((((((.((((((...((............)).)))))).))))))).)..)))))))))..))....... (-37.30)