mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTGTTTTTTTTTTGG AAGACTGAATACAATGCAGGAA TTTTTTTTTGTGTTGTTTTTTTTTTGGAGGAAGAATTTCATAGTTTATTATTAGAAGAAACGTAAAATACAACATATTTACATGACTGGGCAAAAGTTTGGAATTTGTACATTTTTATTTATGAAATAAGTCTGTCATGCTCACCAAGACTGAATACAATGCAGGAAAAC TTTTTTTTTGTGTTGTTTTTTTTTTGGAGGAAGAATTTCATAGTTTATTATTAGAAGAAACGTAAAATACAACATATTTACATGACTGGGCAAAAGTTTGGAATTTGTACATTTTTATTTATGAAATAAGTCTGTCATGCTCACCAAGACTGAATACAATGCAGGAAAACCAATAATATAGGGAATTATTATTTACAATGGAACTTGTTGTCTATCTGGTTTAATACTTACACCCTTTAAAAGATCCTTTTTTTATTGACGAAGAATCTTTATAATCCATGGGGACTTTTCATCCCACTAAAGGTTCTTTAAAGAGTTTTTAGGATTATGTTCTTTACACCAAGAATAATTCTAATTTATAAACTTTTCAACCTTCTCTCGGTCTTGTTTTGTTAGGAGAGACCCTTATTTACAGGGAGGGATCATGTAGATTATTTAAACTGTAATTTAGAAGTACAGCTTACTGAGCACCATAGAAGTCCGCTATATAGAGAG 2 1 5' arm Danio_rerio mirnest 100 100 -31.3 ..((((((((((((((.(((.((((((.((.(((((((((((((((.((.....)).))))((((((....(((.((((....((((.......))))..)))).)))....)))))).))))))))...))).......)).))))))..))).)))))))))))))). (-31.3)