mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTGAGTGCAGCGTTGATG TTGGCGCTGCACTCAATCATG GAAGAAAACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAAACTGAAGTATTCCATTTTTCAGCTTCTTTGAAGTCCGGCAAGATGGGTTCTGGTTGATTCCATTGGCGCTGCACTCAATCATGTC 3 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR397 2e-61 vvi-MIR397a 1e-62 -46.4 .......((((.((((((((((((((..(((.((((..((...((((((((.(.(((((...)))))...).))))))))..)))))).....)))..)))))))))))))).)))). (-46.40)