mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT GGAGTGGCACCTGAGAACACCGG ACACCCCAAGGGAGTGGCACCTGAGAACACCGGTTGTGTTGGCTGCGCCAAGCTCTGCTAGCTAATGCATTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGGCACCA 2 2 3' arm Vitis_vinifera pmrd MIR398 2e-52 vvi-MIR398a 9e-54 -55.6 ...(((((((((.(((..((((((((((((..(.(((((((((((.((........))))))))))))).)..))))))))))))))).)))))))))..... (-55.60)