mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGTGTGACCTGAGAATCACATG GTGTCCTACAGGTGTGACCTGAGAATCACATGCCCGCACCACCCATCTTTGCTCTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGGACTCCC 1 1 3' arm Vitis_vinifera pmrd MIR398 7e-39 vvi-MIR398b 7e-45 -44.7 ..((((..((((.((((((((((((.((((((...(((...........)))...)))))))))))))))))).))))..)))).... (-44.70)