mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCCTCTTTCACTTGGTAGG ACCGGTCTCAGGGCCTCTTTCACTTGGTAGGTGACATAGATGTGAATGATCTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGTCTGGTTA 4 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd mir-399 0.00002 vvi-MIR399c 2e-41 -39.4 (((((.(.((((((..(((((..(((((((((.((((....)))..).)))))))))..)))))..)))))).).))))).. (-39.40)