mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCTCGT GAGCAGATTTCTTTTGGCAGA GTAAATTATAGAGCAGATTTCTTTTGGCAGATGGCGATCACAAGCCAATGTGCTCAAAGGGCATTGAGTGTGTCTGCCAAAGGAGATTTGCTCGTGAATTTAACT 2 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd 100 vvi-MIR399d 6e-55 -49.2 .((((((...(((((((((((((((((((((((((........)))...(..(((((......)))))..)))))))))))))))))))))))...))))))... (-49.20)