mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCCT GGGCAATACTCCATTGGCAGT ATGAATTGCTGGGCAATACTCCATTGGCAGTTGGCCACTCGGCTGACCGCGGTTGACTTCACAAGTAGCAGACTAAGCTCACTGCCAAAGGAGATTTGCCCCTCAATTCAGCT 5 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd mir-399 2e-58 vvi-MIR399g 1e-59 -48.8 .(((((((..((((((..((((.((((((((.(((...(((((((....))))))).......(((.....)))..))).)))))))).))))..))))))..)))))))... (-48.80)